Figlia di Dahlia Gillespie e di Michael Kaufmann, la sua nascita era parte integrante del progetto dei membri di un antico culto religioso della città di Silent Hill. Il loro scopo era quello di riportare in vita Samael, l'antica divinità del luogo, ma per poterne controllare il potere era necessario "intrappolarlo" in un corpo umano, quello di Alessa, appunto. Cresciuta senza conoscere l'affetto di una famiglia ed emarginata da tutti perché considerata una strega, all'età di sette anni venne bruciata viva da sua madre. Grazie al potere di Samael dentro di lei, la ragazza restò in vita, e venne tenuta rinchiusa nei sotterranei dell'Alchemilla Hospital, dove l'infermiera Lisa Garland si prendeva cura delle sue terribili ustioni. Metà del suo spirito però riuscì a scappare e si reincarnò in una bambina, Cheryl. Sette anni dopo, la bimba tornò a Silent Hill per riunirsi al suo io originario, formando nuovamente un unico individuo contenente tutto il potere di Samael, che venne però poi ucciso da Harry Mason.